Durante los últimos años, han aumentado las enfermedades causadas por un mal funcionamiento del sistema inmune en los países industrializados. Algunos estudios sugieren que la causa podría ser una excesiva higienización que podría estar produciendo la disminución del contacto de la población con algunos microorganismos que nos han acompañado durante generaciones.

La presencia de estos microorganismos en nuestro tracto intestinal puede conformar comunidades complejas que favorecen numerosas funciones fisiológicas y mejoran la respuesta inmune en pacientes de enfermedades tales como alergias o la Enfermedad Inflamatoria Intestinal. Por otro lado, su ausencia puede resultar en un sistema inmunitario más proclive a activar la respuesta inmunitaria de forma exacerbada ante ambientes ricos en microbios. (Bouma and Strober, 2003; Guarner et al., 2006)

La colonización del intestino por parte de los microorganismos se da en el nacimiento y continúa durante la primera etapa de la vida hasta formar una comunidad compleja llamada microbiota (o flora intestinal) que es distinta para cada persona. Este proceso facilita la formación de una barrera física e inmunológica que nos protege de las amenazas ambientales, evitando la proliferación de patógenos.

Algunos estudios recientes indican que la colonización microbiana podría empezar incluso durante el periodo fetal, puesto que se han encontrado microorganismos en el líquido amniótico que coinciden con los que más adelante se encuentran en el meconio y que se compone de bacterias del ácido láctico (géneros Leuconostoc, Enterococcus y Lactococcus) y otras del género Escherichia sp.  (Collado et al., 2016)

También el método de alumbramiento tiene su importancia en la formación de la microbiota. Los bebés nacidos por parto natural reciben microbios de la vagina materna como pueden ser bacterias de los géneros Prevotella, Bacteroides, Bifidobacteria, Lactobacillus, Parabacteroides y también Escherichia, con elevada presencia de bacterias del tracto intestinal materno. Los bebés nacidos por cesárea, en cambio presentan mayor proporción de microorganismos provenientes de la piel y la boca maternas, también un mayor riesgo de presentar disbiosis producida por el patógeno Clostridium difficile (Bäckhed  et al., 2015; Dominguez-Bello et al., 2010; Penders et al., 2013).

Después del nacimiento, el principal factor determinante de la formación del microbioma es la lactancia materna. Pasado el primer año de vida, se producen cambios rápidos en la composición de la microbiota que va aumentando su diversidad y complejidad haciendo más difícil su caracterización. De todos modos, la microbiota de los niños continúa presentando propiedades características como es la mayor presencia de bifidobacterias y enterobacterias que en los adultos (Laursen et al., 2017).